1991年开始，南斯拉夫社会主义联邦共和国的四个加盟国相继宣布独立，黑山与塞尔维亚成了南斯拉夫仅存的两个加盟国。
1992年4月，塞尔维亚与黑山组成南斯拉夫联盟共和国，史称南联盟。
1994年10月24日，南联盟政府宣布成立黑山航空公司（Montenegro Airlines），运营由黑山出发的中短途航线。
1996年，黑山航空引进首架福克F28-4000客机。
经过三年时间的筹办，于1997年5月7日首航波德戈里察前往巴里航线。
三年后，黑山航空加入国际航空运输协会，为其进一步打开国际机场奠定了基础。
2003年2月4日，南联盟改国名为“塞尔维亚和黑山”。
2006年5月，黑山举行全民公决，结果决定黑山独立。
6月3日，黑山共和国宣布独立。
黑山独立后，黑山航空只得关闭所有由塞尔维亚起飞的航班，这为黑山航空的发展带来了极大困难。
一年后，2007年7月，黑山航空从GECAS租赁两架巴航工业E195客机
开通了波德戈里察前往伦敦盖特威克、米兰马尔彭萨的定期航班，取得了成功。
不久之后，黑山航空直接向巴航工业订购了一批E195客机
而由于需求变化，黑山航空曾四次修改订单，最终，巴航工业向黑山航空交付了几架E190LR。
2016年8月，黑山航空因长时间没有偿还贷款，银行账户被冻结。
截止冻结账户之时，黑山航空已经欠债超1500万美元，且一直在持续累加。
自2010年后开始，黑山航空的财务状况就非常糟糕，长时间徘徊于轻轻一推就能倒的水平。
新冠肺炎疫情爆发后，黑山航空的财务状况更加紧张。
2020年12月26日，黑山航空无预警停航，造成数千旅客滞留机场。
此后，黑山航空便再也没有恢复运营。
同年12月29日，黑山政府宣布对航空公司进行重组，由新成立的黑山航空（ToMontnegro）接替黑山航空任务。
2021年6月10日，黑山经济发展部长雅科夫·米拉托维奇乘坐新黑山航空首个航班对塞尔维亚进行国事访问，标志着黑山航空业就此迈入新时代。
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